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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  09/12/2015
Data da última atualização:  21/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H.
Afiliação:  ALINE TAISE GUERREIRO, Unicamp, Bolsista CNPq (PIBIC); ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA.
Título:  Implementação de 4 métodos de análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes.
Ano de publicação:  2015
Fonte/Imprenta:  In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 9., 2015, Campinas. Anais... Campinas: IAC, 2015.
Descrição Física:  1 CD-ROM.
Idioma:  Português
Notas:  CIIC 2015. Nº 15604
Conteúdo:  No contexto de estudos de associação genômica ampla (GWAS), métodos para a análise de enriquecimento de um conjunto de genes (GSEA) analisam conjuntos de SNPs associados a genes que compartilham mesma função biológica, localização cromossômica ou via regulatória e buscam identificar SNPs que estão relacionados com variações no fenótipo em estudo. Neste trabalho foram implementados quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura (fenótipos quantitativos)
Palavras-Chave:  Estudos de associação genômica ampla; Mixed models; Modelos lineares mistos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Random forests.
Thesaurus Nal:  Models; Single nucleotide polymorphism.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/135235/1/CIIC-Implementacao-Guerreiro.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA18523 - 1UPCRA - DD2015.00004
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1.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Uso do Prolog para executar especificações formais por traços. Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 1997. 19 p. (EMBRAPA-CNPTIA. Relatório Técnico, 1).
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2.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Upload/GenBank/Chado. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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3.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Tutorial: introdução ao software brblup. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2020. 41 p. il. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 168).
Tipo: Documentos
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4.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Solvat. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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5.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2001. 12 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Instruções técnicas, 6).
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6.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Especificação formal por traços, composição de componentes e protótipos de ferramentas. Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 1993. 90 p.
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7.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Um estudo preliminar dos requisitos para construção de um software DRIS. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2000. 15 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 1).
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8.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Convert2RGWAS. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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9.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. snpQC. versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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10.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. snpQC. Versão 2.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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11.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Predição de regiões de interface proteína-proteína baseada em informações estruturais. 2009. 134 p. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica. Área de concentração Engenharia de Computação) - Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação, Universidade Estadual de Campinas, Campinas.
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12.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. Introdução a especificação formal de módulos de software por traços. Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 1993. 16 p.
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13.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H. MicroarrayCluster. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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14.Imagem marcado/desmarcadoPIETROBON, T.; HIGA, R. H. Disponibilização de análise de controle de qualidade em GWAS e seleção de SNPs para exclusão de paternidade na plataforma Galaxy. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 9., 2013, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 23-24.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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15.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de. Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF) para suporte a estudos de associação genômica ampla e seleção genômica em programas de melhoramento animal. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2015. 30 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 133).
Tipo: Documentos
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16.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, V. F.; HIGA, R. H. Banco de dados de genótipos da Rede genômica animal. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 9., 2013, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 55-57.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoGUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H. Análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes: implementação em R. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 10., 2014, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 101-104.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, G. B. de; HIGA, R. H. Armazenamento de dados de genotipagem e fenotipagem para estudos de genética animal. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 9., 2015, Campinas. Anais... Campinas: IAC, 2015. 1 CD-ROM. CIIC 2015. Nº 15603.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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19.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de. AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2014. 28 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 129).
Tipo: Documentos
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20.Imagem marcado/desmarcadoGIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H. Bioinformática aplicada à agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 4. p. 67-83.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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